Condițiile de folosință specială a apei se coordonează de către Agenție prin intermediul ghișeului unic în domeniul autorizării de mediu pentru folosința specială a apei. Modalitatea de obținere este reglementată de Anexa nr.1 la Hotărîrea Guvernului nr. 894 din 12 noiembrie 2013 privind aprobarea Regulamentului cu privire la organizarea și funcționarea ghișeului unic în domeniul autorizării de mediu pentru folsința specială a apei.