Основными функциями Агентства являются:
а) реализация государственной политики в области геологического изучения, рационального использования и охраны недр;
b) разработка предложений по использованию государственных и иных инвестиций для развития минерально-сырьевой базы и обеспечения национальной экономики необходимой геологической информацией;
c) организация и контроль за выполнением работ по геологическому изучению недр;
d) осуществление государственного контроля за рациональным использованием и охраной недр;
e) государственный горный надзор за соблюдением законодательства, норм и правил по ведению работ, связанных с пользованием недрами;
f) создание и ведение единой системы недропользования;
g) осуществление государственной экспертизы геологической информации и организация государственной экспертизы запасов полезных ископаемых;
h) ведение государственного баланса запасов полезных ископаемых, Государственного кадастра месторождений и проявлений полезных ископаемых, Государственного кадастра подземных полостей в целях, не связанных с добычей полезных минеральных ископаемых;
i) разработка предложений по восполнению минерально-сырьевой базы национальной экономики;
j) разработка предложений по совершенствованию нормативных актов в области использования недр. 

Полномочиями Агентства являются:
а) разработка совместно с другими отраслевыми центральными органами публичного управления и заинтересованными государственными учреждениями государственных программ по геологическому изучению недр в целях воспроизводства минерально-сырьевой базы и мониторинга состояния недр, а также обеспечение их реализации;
b) выполнение систематического анализа степени геологической изученности территории республики и состояния минерально-сырьевой базы;
c) осуществление функций заказчика геологоразведочных работ, выполняемых за счет средств государственного бюджета, организация и контроль их выполнения;
d) осуществление государственной регистрации и учета работ по геологическому изучению недр независимо от ведомственной подчиненности и формы собственности заказчиков;
е) выполнение экспертизы проектно-сметной документации по геологическому изучению недр, экспертизы и приемки геологической информации по выполненным работам;
f) организация деятельности Государственного фонда информации о недрах, надзор за представлением материалов по геологическим исследованиям, обеспечение их централизованного хранения и использования;
g) организация и проведение конкурсов на получение права пользования участками недр согласно перечню, утверждаемому вышестоящими органами;
h) предоставление геологических отводов для изучения недр, а также аннулирование актов в случае несоблюдения требований законодательства;
i) предоставление горных отводов для добычи полезных ископаемых, строительства и эксплуатации подземных сооружений, не связанных с добычей полезных минеральных ископаемых, а также аннулирование актов горных отводов в случае несоблюдения требований законодательства;
j) ведение реестра геологических, горных отводов и кадастра горных выработок и подземных полостей; 
k) разработка проектов законодательных и нормативных актов, стандартов, норм и правил по геологическому изучению, использованию и охране недр; разработка и утверждение в пределах своей компетенции методических требований по изучению недр;
l) согласование застройки площадей разведанных месторождений полезных ископаемых, а также согласование проектирования эксплуатационных скважин и водозаборов подземных вод, разработанной технической документации и материалов для получения разрешений на специальное водопользование; 
m) разработка предложений для перечня полезных ископаемых национального значения;
n) осуществление контроля за организацией и выполнением недропользователями геологического и топографического обслуживания горных работ, за проектной документацией на месте проведения горных работ, за первичной геологической и маркшейдерской документацией в целях учета объемов добычи и потерь; 
o) проверка наличия годовых планов развития горных работ и согласование нормативов потерь полезных ископаемых; 
p) проведение экспертизы технической (технологической) проектной документации на разработку месторождений полезных ископаемых, строительство перерабатывающих предприятий и подземных сооружений, не связанных с добычей полезных ископаемых;
q) ведение автоматизированной информационной системы «Государственный геологический регистр»;
r) подготовка предложений об ограничении, приостановлении или прекращении пользования недрами при нарушении правил пользования ими; 
s) обращение в Лицензионную палату с представлением констатирующих документов для принятия предусмотренных законодательством мер в случае выявления нарушений лицензионных условий пользования недрами, допущенных пользователем участка недр – обладателем лицензии; 
t) подготовка необходимых документов для привлечения в установленном законом порядке к ответственности за нарушение законодательства, связанного с пользованием недрами;
u) обеспечение информационного обслуживания заказчиков по геологическим вопросам, выдача заинтересованным организациям заключений о месторождениях полезных ископаемых и выполнение других платных заказов и услуг по установленным тарифам; 
v) ведение бухгалтерского учета;
w) осуществление, в пределах компетенции, международного сотрудничества в области геологического изучения, использования и охраны недр.

Агентство имеет следующие права:
a) запрашивать и получать от пользователей недр сведения о работах по геологическому изучению и использованию недр, а также информацию о соблюдении условий пользования недрами; 
b) запрашивать и получать от центральных отраслевых органов публичного управления, научных организаций и предприятий материалы, предложения, статистическую и другую информацию по вопросам геологического изучения, использования и охраны недр, необходимые для осуществления функций Агентства; 
c) привлекать для консультаций, изучения и решения проблем в области геологического изучения, использования и охраны недр ученых, специалистов и экспертов, в том числе зарубежных; 
d) инспектировать горнодобывающие и геологические предприятия для осуществления функций государственного геологического контроля и горного надзора;
e) оказывать на платной основе экономическим агентам и физическим лицам услуги, предусмотренные действующим законодательством;
f) управлять специальными средствами в установленном порядке;
g) осуществлять иные права, предусмотренные действующим законодательством.